超全拆解AlphaFold 3，上海交大钟博子韬：极致利用数据，以原子精度预测所有生物分子结构，但并不完美
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内容提要
AlphaFold 3是一种蛋白质结构预测工具，具有改进的模型架构和减少对多序列比对（MSA）的依赖，实现了原子级结构预测。它在配体对接、蛋白质复合物预测、翻译后修饰预测和DNA/RNA结构预测方面取得了显著进展。然而，它在RNA结构预测方面仍需改进。AlphaFold 3在预测共价修饰方面存在局限性，并可能产生幻觉。目前，AlphaFold 3在蛋白质修饰、DNA/RNA修饰、金属离子和配体方面存在一定限制。总体而言，尽管AlphaFold 3取得了重大进展，但仍需要进一步研究和努力来解决复杂问题。
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关键要点
- AlphaFold 3 是一种蛋白质结构预测工具，具有改进的模型架构和减少对多序列比对的依赖。
- AlphaFold 3 在配体对接、蛋白质复合物预测、翻译后修饰预测和 DNA/RNA 结构预测方面取得显著进展。
- AlphaFold 3 在 RNA 结构预测方面仍需改进，且在预测共价修饰方面存在局限性。
- AlphaFold 3 的模型架构由三个关键部分组成，第一部分保持高度相似，第二部分减少对 MSA 序列的依赖，第三部分采用扩散模型实现全原子结构生成。
- AlphaFold 3 的应用范围实现质的飞跃，能够准确预测配体、蛋白质复合物、翻译后修饰及 DNA/RNA 结构。
- AlphaFold 3 在配体对接任务中表现优异，成功率达到 76.4%。
- AlphaFold 3 在抗体和抗原结构预测中表现良好，但成功率仍需通过增加运行次数来提升。
- AlphaFold 3 在共价修饰预测方面展现出色能力，成功率可达约 80%。
- AlphaFold 3 在 RNA 结构预测上存在局限，准确率低于其他模型。
- AlphaFold 3 并不完美，存在找错手性和幻觉等问题，且在特定任务上表现仍需提升。
- AlphaFold 3 的使用受到限制，仅支持特定位置和种类的蛋白质、DNA、RNA 修饰及金属离子。
- 尽管 AlphaFold 3 取得重大进展，但在复杂问题的解决上仍需持续研究与努力。
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