将化学分子的 ChEMBL ID 转化为 SMILES 的两种方法
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原文中文，约9600字，阅读约需23分钟。
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内容提要
ChEMBL是一个大型的化学分子数据库，收集了大量化合物的化学、生物学数据。本文介绍了使用ChEMBL的Web API和PostgreSQL将ChEMBL ID转化为SMILES的方法。使用Web API可以通过ChEMBL ID过滤分子并提取其SMILES信息。使用PostgreSQL可以将ChEMBL ID导入数据库并查询对应的SMILES。这些方法都可以方便地将ChEMBL ID转换为其他分子表示。
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关键要点
- ChEMBL是一个大型化学分子数据库，包含化合物的化学和生物学数据。
- ChEMBL ID通常用作化合物的标识，需转换为SMILES或InChI等分子表示。
- 本文介绍了使用ChEMBL Web API和PostgreSQL将ChEMBL ID转化为SMILES的方法。
- 使用ChEMBL Web API可以通过chembl-webresource-client包过滤分子并提取SMILES信息。
- 通过PostgreSQL可以将ChEMBL数据库下载至本地，查询速度更快，适合大批量数据转换。
- 安装PostgreSQL后，需创建数据库并导入ChEMBL数据。
- 通过SQL查询可以将ChEMBL ID与对应的SMILES提取出来。
- 对于大规模转换，查询结果可以导出为CSV文件。
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