开坑！从 AI Coding 到 AI4S：新开源项目 Pero 的一次探索
内容提要
作者离职后开源了面向科研工作流的项目Pero，旨在连接领域App、Agent与计算资源。项目从Virtual Cell入手，将脚本、Notebook中的研究过程组织为可持续执行、追踪和复核的项目，切入点包括围绕Project组织研究上下文、支持多Agent分工与分布式计算、构建可组合的领域科研App。目前已有macOS开发版、ACP会话、分布式任务基础和Virtual Cell初步实现，整体仍处早期。
延伸解读
从写代码到做科研：Agent 能力的迁移与边界
作者将 AI Coding 中积累的任务规划、工具调用、长期记忆、多 Agent 协作等能力迁移到科研工作流，但明确指出科研与软件工程的要求不同：代码能运行不等于结论成立，还需追踪数据来源、方法环境、结果可复现性及可信判断。这提示读者，Agent 在科研场景中不能只追求自动化执行，更要支持过程记录与复核。
Pero 的三个切入点：项目制、多 Agent 分工与领域 App
Pero 目前围绕三个方向探索：以 Project 组织研究问题、文献、数据、任务与实验结果，让 Agent 持续理解上下文；支持多 Agent 在同一项目中分工，并将任务分发到本机、实验室服务器或云端；构建可组合的领域科研 App，使专业界面既能独立使用，也能被 Agent 调用。这些方向已有 Task、Run、Worker 等基础实现，但完整流程尚未打通。
Virtual Cell 的定位：交互原型而非科学预测工具
Virtual Cell 作为 Pero 的首个领域 App，包含参考细胞图谱浏览、扰动分析、一阶反应模拟和三维体数据可视化。作者明确说明，反应模拟和体数据示例仅用于演示交互，不能代表经过科学验证的细胞预测模型；扰动分析也有其数据与评估范围，不能直接推广为对未知条件的可靠预测。读者应将其视为工作流与交互方式的原型，而非可直接用于科研结论的工具。
早期项目的现实：已有基础与待补环节
目前 Pero 已有 macOS 开发版、ACP 会话、分布式任务基础和 Virtual Cell 初步实现，并开始支持 GitHub 任务导入、认领与分发。但 Agent 工具调用、Task/Run 执行与 Project 产物登记尚未与 Virtual Cell 连通，自动化贡献、研究产物登记与独立验收等环节也需完善。作者强调项目仍处早期，更适合带着具体科研流程问题参与验证，而非期待完整平台。
Q&A
Pero 项目是做什么的？
Pero 是一个面向科研工作流的开源工作区，旨在把领域 App、Agent 和计算资源连接起来，帮助组织可执行、可追踪、可复核的研究项目。
Pero 目前从哪个领域开始入手？
Pero 当前从 Virtual Cell（虚拟细胞）入手，探索如何把散落在脚本、Notebook 和专业工具中的研究过程组织成可持续执行、追踪和复核的项目。
Pero 的三个明确切入点是什么？
一是围绕 Project 组织研究问题、文献、数据、任务、实验结果与知识，让 Agent 持续参与研究协作；二是支持多 Agent 分工，并将任务分发到本机、实验室服务器或云端计算资源；三是构建可组合的领域科研 App，把领域数据、专业工具、计算方法和 Agent 组合起来。
Virtual Cell 目前包含哪些功能？
Virtual Cell 包含参考细胞图谱浏览、扰动分析流程、一阶反应模拟以及三维体数据可视化。使用者可以通过界面查看细胞数据、调整参数和观察输出。
Pero 目前已经实现了哪些部分？
目前已有 macOS 桌面开发版、ACP 会话、分布式任务基础（Task、Run、Worker）以及 Virtual Cell 的初步实现，并开始支持 GitHub 任务导入、认领与分发。
Pero 在技术设计上参考了哪些项目？
Pero 参考了 Zed 与 GPUI 的工作台和界面实现、Kiro Crew 的持久工作区与 App 组合、Claude Science 的科研工作台，以及 DeepSeek Harness 的插件架构。
