基于 NONMEM、PsN 和 Amazon ParallelCluster 服务构建云端药代动力学/药效学建模及数据分析流程

基于 NONMEM、PsN 和 Amazon ParallelCluster 服务构建云端药代动力学/药效学建模及数据分析流程

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内容提要

定量药理学是使用数学、计算机和统计学等工具来描述药物在体内吸收、分布、代谢和排泄等过程的学科。定量药理学研究的目的是客观描述和定量评价药物在生物体内的疗效及毒副作用,预测药物在不同人群中的药代动力学和药效动力学变异性,为开发新药和优化临床使用药物提供定量依据。定量药理学离不开数学建模与模拟技术,例如PK/PD模型用于描述药物在体内的动态过程和药效学效应。NONMEM和PsN是定量药理学研究中常用的软件工具,Amazon ParallelCluster是一个用于部署和管理高性能计算集群的工具。本文介绍了NONMEM、PsN和Amazon ParallelCluster的安装和使用方法,并提供了一些作业调度的示例。

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关键要点

  • 定量药理学使用数学、计算机和统计学工具描述药物在体内的过程。

  • 研究目的是客观描述和定量评价药物的疗效及毒副作用。

  • PK/PD模型用于描述药物在体内的动态过程和药效学效应。

  • NONMEM和PsN是定量药理学研究中常用的软件工具。

  • Amazon ParallelCluster用于部署和管理高性能计算集群。

  • NONMEM是应用最广泛的定量药理建模和模拟软件。

  • PsN是一个开源工具集,帮助开发使用NONMEM的模型。

  • Amazon ParallelCluster自动创建和设置计算资源,支持高效计算。

  • 环境中各组件版本包括NONMEM 7.5.1和PsN 5.3.0等。

  • 制作自定义AMI以便创建Amazon ParallelCluster集群。

  • 安装NONMEM和PsN需要特定的系统依赖包和配置。

  • 禁用Open MPI以避免与MPICH的冲突。

  • 通过PsN执行并行计算测试NONMEM作业。

  • 使用PsN进行Bootstrap重采样以提高计算效率。

  • 方案利用云计算资源,显著提升计算效率,缩短研究时间。

  • Amazon ParallelCluster简化了集群管理和资源使用,节省成本。

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