如何在本地Jupyter Notebook中直接运行R程序

如何在本地Jupyter Notebook中直接运行R程序

💡 原文英文,约800词,阅读约需3分钟。
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内容提要

R语言在生物信息学中应用广泛,可在Jupyter Notebook中运行。本文介绍如何在Windows、MacOS和Linux上设置R环境:用Conda创建环境,安装ipykernel和jupyter,再安装R和r-irkernel。最后,在Jupyter Notebook中选择R即可使用。

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关键要点

  • R语言在生物信息学中应用广泛,可以在Jupyter Notebook中运行。
  • 需要安装R编译器和R Studio,也可以直接在Jupyter Notebook中运行R代码。
  • 本文介绍如何在Windows、MacOS和Linux上设置R环境。
  • 使用Conda创建环境,推荐使用Miniconda。
  • 创建新的Conda环境命令为:conda create --name r-conda。
  • 激活Conda环境命令为:conda activate r-conda。
  • 安装ipykernel和jupyter命令为:conda install ipykernel jupyter。
  • 在Conda环境中安装R的命令为:conda install -c r r-irkernel。
  • 打开Jupyter Notebook可以使用命令:jupyter notebook。
  • 在Jupyter Notebook中可以直接选择R语言进行编程。
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