重命名GitHub仓库后，更新AWS Amplify应用的步骤包括生成GitHub访问令牌、查找Amplify应用ID、更新仓库连接和验证连接。确保访问令牌权限正确，连接成功后撤销令牌。此过程不影响本地开发环境，构建设置和环境变量保持不变。