本文探讨了基于Transformer结构的分子表示学习，提出了多种算法和模型（如MolBERT、PAR、Modern Hopfield Network等），并评估了其在药物发现中的应用潜力。研究表明，数据量和质量显著影响模型性能，同时提出了新的无监督学习算法和微调方法，推动了少样本分子预测的发展。

本文提出了一种新的分子联合表示学习框架，结合SMILES和分子图的多模态信息，改进自我注意力机制，并引入双向消息传递图神经网络以增强信息流。实验验证了该模型在分子属性预测中的有效性，展示了图神经网络在药物发现和生物系统分析中的应用潜力。

本文探讨了多模态深度学习在药物发现中的应用，提出了新的分子联合表示学习框架MolBind，结合SMILES和分子图信息，提高了分子性质预测的准确性和可靠性。同时，研究展示了多视角分子表示学习模型MV-Mol的优越性能，强调了多模态学习在捕捉分子特征和语义对齐中的重要性。

本文介绍了几种基于几何感知的分子表示学习方法，如Galformer和Moleformer等新型Transformer架构，强调了它们在分子性质预测中的优越性能。这些模型通过结合2D和3D信息，显著提升了分子建模的准确性和泛化能力，展示了在不同任务中的应用潜力。

本研究提出了多种新型神经网络模型，包括FunQG分子图粗化框架、四元数图神经网络（QGNN）和量子图卷积神经网络（QGCN），用于分子表示学习、图分类和3D形状生成等任务，展现了优越的性能和鲁棒性。

该文综述分子表示学习进展，涵盖化学反应约束嵌入、MolCAP图预训练、MolCLR对比学习、GEM几何增强、MARCEL同构体基准、语言模型编码化学知识、MolTC多模态框架、MOCA自监督及MolBert等方法，旨在提升分子性质预测与反应预测性能。

本文综述了PAGTN、KPGT、AMCT、MAT、CoMPT、Moleformer和SYN-FUSION等分子表示学习模型，这些模型结合图神经网络与Transformer，采用自监督预训练和几何感知编码，在量子化学、物理化学及生物化学数据集上表现优异，推动了分子性质预测的发展。

本文综述分子表示学习与多模态大模型进展，涵盖CMRL因果模型、MolCA跨模态建模、MolCAP反应预训练、3D-MoLM三维分子理解、InstructMol指令对齐、MolReGPT检索提示及GIT-Mol任意类型到语言翻译等方法，在分子任务上显著提升性能。

本文提出TextReact方法，利用文献检索文本增强化学反应预测，通过文本与分子表示对齐及掩码语言模型训练，在反应条件推荐和逆合成任务上优于仅用分子数据的模型。文章还综述了语言模型与图神经网络结合、MatChat材料合成预测、无模板反应预测、MolCAP分子表示学习及LLM化学代理等进展。

该文章介绍了一种新的药物发现方法，利用图像数据和分子表示学习跨模态表示。作者提出了两种创新的损失函数 EMM 和 IMM，并通过在跨模态检索上对比已知基准线，证明了该方法的有效性。此外，作者还提出了用于 JUMP-CP 数据集的预处理方法，将所需空间从 85Tb 缩减到可用的 7Tb。