复盘OntoDB（Rust多模数据库）227万化合物指纹HNSW索引召回异常：Recall@50低于@10。排查发现三类根因：多样性剪枝使用严格小于号，离散Tanimoto距离大量并列导致新节点被误剪；删除集合等内存状态未持久化，产生44万“幽灵”节点；导入分页断流、抽样偏差、列清单缺fp、版本选择bug叠加导致指纹丢失。修复后id-recall@10由0.844升至0.9784，节点数与SQL精确对齐。