清华大学研究组开发了ProfileBFN工具，专注于蛋白质家族特异性建模。该工具通过多序列比对优化蛋白质设计，有效捕捉家族结构特征，生成新型家族蛋白质的表现优异，相关成果入选ICLR 2025。

香港中文大学研究团队开发了超快速、高灵敏度的蛋白质同源物检测框架DHR，能够识别隐藏在序列深处的远端同源物。DHR的灵敏度提高超过10%，速度比传统方法快22倍。研究结果发表在Nature Biotechnology上，显示DHR能够构建高质量的多序列比对（MSA）并处理全新数据，为蛋白质结构预测领域带来新希望。