《名侦探柯南》围绕工藤新一的侦探之路、世良姐妹的搬迁、警校五人组的牺牲和黑衣组织的秘密计划展开。工藤新一因药物变小，化名江户川柯南，展开推理与冒险，逐步揭开组织秘密，涉及复杂的人际关系与情感纠葛。