工资单系统复杂原因：工会谈判、人力资源策略导致特殊交易和奇怪做法；涉及特例如地区工资、工会会费、储蓄计划；处理税收、利润分享、残疾人计划；需要与其他系统接口。复杂性导致错误、混乱和困惑。