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研究人员揭示蛋白质语言模型的内部机制

近年来,蛋白质语言模型在药物靶点识别和抗体设计等生物领域得到广泛应用。麻省理工学院的研究者通过新技术揭示了这些模型的预测机制,帮助选择更合适的模型,加速新药或疫苗靶点的发现。这项研究提高了模型的可解释性,并可能揭示新的生物学见解。

研究人员揭示蛋白质语言模型的内部机制

MIT News - Computer Science and Artificial Intelligence Laboratory (CSAIL)
MIT News - Computer Science and Artificial Intelligence Laboratory (CSAIL) · 2025-08-18T19:00:00Z
原子级精确,David Baker团队开发RFdiffusion变体对抗体进行从头设计

华盛顿大学研究团队开发了一种新方法,结合RFdiffusion网络和酵母展示,能够从头设计特定表位结合的抗体。实验验证表明,设计的抗体在结构和结合精度上达到了原子级别,且具有良好的亲和力。这一方法有望加速抗体的发现与开发,超越传统的动物免疫和随机筛选。

原子级精确,David Baker团队开发RFdiffusion变体对抗体进行从头设计

机器之心
机器之心 · 2025-03-18T03:58:26Z
首个强化生成模型AbNovo实现多目标、多约束抗体从头设计,发表于ICLR 2025

上海交通大学医学院研究团队提出了一种新型AbNovo抗体设计方法,结合强化学习与深度扩散模型,实现多目标和多约束的抗体设计,显著提升了抗体的亲和力和生物物理特性,优化了药物研发流程。研究成果已在国际会议上发表,具有广泛应用潜力。

首个强化生成模型AbNovo实现多目标、多约束抗体从头设计,发表于ICLR 2025

机器之心
机器之心 · 2025-03-04T05:00:00Z
LLM时代,计算蛋白质科学进展如何?香港理工大学等发布系统性综述

蛋白质是生命的基本构建单元,参与新陈代谢和信号传导。研究者利用大型语言模型(pLMs)推动计算蛋白质科学,探讨序列、结构与功能的关系。综述了pLMs的分类、应用及其在抗体和酶设计等领域的潜力,并强调未来的研究方向。

LLM时代,计算蛋白质科学进展如何?香港理工大学等发布系统性综述

机器之心
机器之心 · 2025-02-07T10:25:00Z

本文介绍了一种基于预训练模型的抗体设计方法,通过序列-结构生成和模块优化,成功生成高性能抗体。研究利用机器学习和增强学习技术,提升抗体的亲和力和结构鲁棒性,为药物发现提供新途径。

基于活跃学习的能量优化抗体设计与提升筛选效率

BriefGPT - AI 论文速递
BriefGPT - AI 论文速递 · 2024-09-17T00:00:00Z

本文介绍了一种基于生成模型的抗体设计方法,能够高效生成特异性和中和能力强的抗体。通过结合序列与三维结构信息,成功设计出中和SARS-CoV-2的抗体,并提出了新模型IgDiff和AbDiffuser,优化了抗体生成过程,提升了设计的可行性和性能。这些方法在抗体设计中表现优异,具有广泛应用潜力。

在扩散模型中使用力导向抽样改进抗体设计

BriefGPT - AI 论文速递
BriefGPT - AI 论文速递 · 2024-06-09T00:00:00Z

本文介绍了基于VHHs结构建立的大规模数据集AVIDa-hIL6,包含573,891个抗原-VHHs序列对,用于预测抗体-抗原相互作用。研究者提出了基于预训练模型的抗体设计方法,开发了AntiBERTy语言模型,并提出了IgBert和IgT5模型,推动抗体工程的发展。此外,研究还探讨了Vaxformer模型在疫苗设计中的应用及抗病毒药物资源库的建立。

一个 SARS-CoV-2 相互作用数据集和 VHH 序列语料库用于抗体语言模型

BriefGPT - AI 论文速递
BriefGPT - AI 论文速递 · 2024-05-29T00:00:00Z

AbDiffuser是一种新型扩散模型,能够生成抗体的三维结构和序列,结合物理信息和领域知识,提高抗体设计的效率和灵活性。研究表明,AbDiffuser生成的抗体与参考集相似,具有药物发现的潜在应用。通过AntiBARTy模型,研究者成功设计出能够中和SARS-CoV-2的抗体,展示了该方法在抗体特异性和结合能力方面的优势。

SE (3) 扩散的全新抗体设计

BriefGPT - AI 论文速递
BriefGPT - AI 论文速递 · 2024-05-13T00:00:00Z

本文介绍了一种基于预训练模型的抗体设计方法,结合序列与结构生成技术,成功设计出高特异性抗体,特别针对SARS-CoV-2。研究提出了多通道等变注意力网络和贝叶斯优化框架,显著提升了抗体设计的效率和亲和力,展示了在免疫治疗和药物发现中的应用潜力。

通过直接基于能量的偏好优化进行抗原特异性抗体设计

BriefGPT - AI 论文速递
BriefGPT - AI 论文速递 · 2024-03-25T00:00:00Z
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