在使用Clean Architecture原则设计应用程序时，必须区分基础设施层和持久化层。这两个层在处理系统的外部问题时起着关键作用，同时保持核心业务逻辑的清晰和抽象。基础设施层负责提供应用程序所依赖的各种外部服务和机制的实现。持久化层是基础设施的一个专门部分，负责实现数据库访问。通过依赖注入，这两个层一起工作，提供必要的实现，使架构具有可扩展性和可维护性。