在Git中，未跟踪文件是指不在版本控制中的文件。可以使用`git clean`命令删除这些文件，步骤包括：检查未跟踪文件、预览将被删除的文件、使用`-f`标志删除文件、使用`-fd`删除目录、通过`.gitignore`排除特定文件，以及使用`-nd`进行干运行以确保安全，从而保持Git仓库整洁。

在使用Git切换分支前，应处理未跟踪的文件。虽然可以通过设置区分大小写来解决，但不建议长期使用。应在源头避免直接重命名大小写问题。