该文章介绍一款在线等电点计算器，用于估算氨基酸和蛋白质的等电点（pI）。工具支持单个氨基酸或手动输入pKa值，提供常见氨基酸的pKa参考表，并说明等电点定义、计算公式及电荷状态原理。等电点指分子净电荷为零时的pH值，此时溶解度最低，常用于蛋白质纯化。

2025年3月22-23日，上海交通大学将举办AI蛋白质设计峰会，汇聚300多位专家学者，探讨AI在蛋白质设计中的应用。西湖大学的原发杰博士将分享蛋白质语言模型的研究进展，包括SaProt、ProTrek、Pinal和Evolla等，展示AI在蛋白质结构预测和设计中的重要性。

本研究提出了一种新型预训练策略，强调氨基酸残基间的相互作用，提升了从序列数据中提取共演化特征的能力。实验结果表明，该模型在多个基准任务中表现优异，标志着蛋白质序列建模的重大进展。

本研究提出了一种基于氨基酸微环境的高效注意力模型EMOCPD，旨在提高蛋白质设计的效率和准确性。该模型通过分析氨基酸周围的三维原子环境，显著提升了预测准确率、突变体的热稳定性和蛋白质表达能力。

该文综述多语言与低资源语言模型研究，涵盖南非语言、美洲土著语、古希腊语、阿卡德语及非洲语言等。研究发现，大型语言模型在非洲语言上表现普遍不佳：GPT-4生成任务差，mT0问答最佳；语言特定模型在知识检索上接近通用模型。ACLUE基准显示古今汉语理解差异显著。

PepLand是一种新的预训练架构，用于多肽的表示和属性分析。该架构在多肽性质预测中表现出有效性，为多肽研究领域的进展奠定了基础。

简介 Transvar 是 MD Anderson 开发的一款多种方向的突变/坐标转换工具，它支持基因组坐标、cDNA 坐标以及蛋白氨基酸坐标之间的转换。Google 了一下，发现对于这个工具的介绍还是很少的，于是来介绍一下。 举个实际例子，肺癌中的EGFR基因突变，在 COSMIC 上见到的一个突变的描述网页如下，我们可以看到id 为COSM6223的突变，是一个 EGFR...