Lyra是一种新型生物序列建模架构,结合状态空间模型和投影门控卷积,显著提升推理速度和计算效率。它在100多个生物任务中表现优异,参数减少至现有模型的1/120,000,训练时间仅需数小时。
本研究提出GROOT方法,通过邻域采样生成伪标签并进行标签传播,解决生物序列设计中的优化瓶颈。实验结果表明,GROOT在多项任务中优于现有方法,验证了其在标记数据有限情况下的有效性。
本研究提出了Bio-xLSTM,一种针对生物和化学序列的生成模型,旨在解决现有转化器在处理长基因组序列时的时间复杂度问题。Bio-xLSTM在小分子和蛋白质的上下文学习中表现优越,能够提供丰富的序列表示。
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