本研究解决了空间蛋白组学中高维数据分析面临的挑战，提出了虚拟组织（VirTues）框架，通过创新的变压器架构和标记方案，捕捉多种分子标记的空间分布。VirTues在多项临床诊断和生物发现任务中表现优异，具有较强的泛化能力，为组织功能和疾病机制提供了新的洞见。

本研究提出了PROTEUS系统，利用大型语言模型自动分析蛋白组学数据，生成高质量的科学假说，从而显著加快研究进程。