中南大学团队提出了一种名为DPFunc的深度学习方法,利用结构域信息进行蛋白质功能预测。DPFunc通过残基特征学习和图神经网络,准确识别关键区域,尤其在稀有功能和低序列相似性蛋白质中表现优越。该研究成果发表于《Nature Communications》。
东北大学研究人员开发了一种新型蛋白质功能预测方法,称为双模型自适应权重融合网络(TAWFN)。该方法结合卷积神经网络和图卷积网络,利用蛋白质结构和语言模型进行预测,表现优于现有方法,并在多个任务中取得高性能指标。
学习异质图的节点级表示对于欺诈者检测和蛋白质功能预测等应用至关重要。提出了一种新的多视图对比学习方法,通过集成扩散滤波器捕捉异质图中的结构等价性,发现传统节点表示中的关系和相似性。在数据集上优于基准方法,且在近邻任务上表现出卓越性能。
本研究提出了一种新颖的方法Prot2Text,使用图神经网络和大型语言模型在编码器-解码器框架中,以自由文本形式预测蛋白质的功能。该多模态方法综合蛋白质序列、结构和文本注释等多种数据类型,提供了详细准确的描述。通过从SwissProt中提取多模态蛋白质数据集对模型进行评估,结果表明了多模态模型的转变性影响,特别是图神经网络和大型语言模型的融合。
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