在Frappe中，可以通过自定义代码批量删除WhatsApp消息，以避免服务器过载。首先，在列表视图中添加批量删除按钮，然后使用`delete_in_batches`函数分批删除，每批2000个，间隔2秒。完成后，显示删除完成信息并刷新视图。也可以通过服务器脚本使用`delete_all_docs`删除所有记录。