JavaScript中的模块系统有两种：CommonJS和ESModule。CommonJS适用于服务器端应用程序，ESModule适用于客户端应用程序。两者在语法、同步性、作用域、性能、生态系统和工具等方面存在差异。选择使用哪种模块系统取决于开发环境和项目需求。