在Flatpak中运行Obsidian时，由于沙箱环境的限制，可能会遇到问题。为执行npx命令更新git仓库，需要将npx添加到Obsidian的$PATH变量，并确保Obsidian有权限访问NVM目录。使用Flatseal授予权限后，更新脚本需在git根目录执行，以便直接从Obsidian更新页面进行更新。

在Linux系统上，应用安装曾面临复杂的依赖关系问题。dpkg和rpm简化了安装过程，apt和yum进一步提升了用户体验。为了解决兼容性问题，Flatpak应运而生，允许开发者打包应用，确保跨发行版兼容，简化更新，并提供安全的沙盒环境。用户可通过Flathub轻松安装和管理应用。