在运行Express-EJS项目时，直接从index.js启动可能会遇到视图文件夹的问题。解决方法是使用path模块和__dirname属性，确保正确设置当前目录，以便访问views文件夹外的index文件。

在VS Code中，可以通过自定义标签模式来区分相同名称的文件，例如将index文件的标签改为显示其所在文件夹名称，以便更好地识别。