斯坦福大学研究人员提出了一种自监督网络嵌入框架,称为判别网络嵌入(DNE),旨在提升蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络的分析能力。DNE通过对比邻近和远节点的表示,全面表征节点关系,优于传统方法,能够更准确地预测PPI并识别功能模块,展现出广泛的应用潜力。
本文介绍了PPI的试用版本,首次支持Perl签名功能。用户需在代码中包含特定模块和特性以启用此功能。开发者被邀请反馈所需的签名和尝试特性。新版本允许用户插入参数以影响文档解析,并已添加测试脚本以确保稳定性。欢迎在GitHub上提供反馈。
该文综述深度学习在蛋白质相互作用预测中的应用,涵盖PPIref数据集、PPIformer模型、BioBERT文本挖掘、图神经网络、数据增强与物理信息网络等方法,用于突变预测、功能注释、网络对齐及药物发现,并指出置信度校准与未知数据预测等挑战。
基于小型标记数据集和通常远大于其的机器学习预测数据集,我们提出了 PPI++:一种计算轻量级的估计和推断方法。该方法自动适应可用预测的质量,生成易于计算的置信区间(对于任何维度的参数),始终改进传统的区间估计方法,仅使用了标记数据。PPI++ 建立在预测驱动的推断(PPI)的基础上,解决了相同的问题设置,并提高了其计算和统计效率。真实和合成实验证明了所提出改进的好处。
本文讨论了Photoshop照片PPI、打印机DPI之间的关系,以及为什么将300PPI定为“视网膜分辨率”。通过计算人眼的最小分辨角,得出常规情况下人眼无法分辨小于0.055毫米的距离。因此,为了使大多数人无法分辨像素条纹,屏幕分辨率应达到350PPI。此外,文章还解释了PPI与打印机DPI的关系,指出DPI指的是每英寸的墨滴数量。最后,提到屏幕分辨率还可以用dp来表示屏幕密度,而大多数安卓手机的分辨率超过300PPI。
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