双空间优化:潜在提示变换提升分子序列设计

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内容提要

该论文提出了一种潜在提示Transformer模型,用于解决分子设计等优化问题。该模型由潜在向量、分子生成模型和属性预测模型组成,实验证明其在分子设计任务上表现出最先进的性能。

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关键要点

  • 该论文提出了一种潜在提示Transformer模型,用于解决分子设计等优化问题。
  • 模型的目标是找到具有目标化学或生物特性优化数值的分子。
  • 模型由三个组成部分构成:潜在向量、分子生成模型和属性预测模型。
  • 潜在向量的先验分布由高斯白噪声向量的Unet转换建模。
  • 分子生成模型根据潜在向量生成基于字符串的分子表示,采用因果Transformer模型。
  • 属性预测模型通过非线性回归预测分子的目标属性值。
  • 模型在对现有分子及其属性值进行初始训练后,逐渐将模型分布转移到支持所需目标属性值的区域。
  • 实验证明该模型在多个基准分子设计任务上表现出最先进的性能。
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