该研究针对传统系统发育推断方法在处理连续和离散参数时的复杂性问题,提出了一种新的方法PhyloGen。该方法利用预训练的基因组语言模型生成和优化系统发育树,显著提高了推断的准确性与灵活性,结果表明PhyloGen在八个真实世界基准数据集上的表现有效且稳健。
该文章介绍了一种新的语言系谱推断方法,通过训练神经网络预测声音变化步骤。实验结果显示,该方法生成的树优于其他基线。作者还尝试了一种最小概括学习器,能够自动引导音变法则,效果与专家注释的声音法则相当有效。
介绍了一种名为VBMC的高效样本推断框架,可用于难以处理的黑盒似然的后验分布和模型评估。该方法结合了变分推断和基于高斯过程的主动采样贝叶斯积分,并在测试中表现出很好的性能。
肿瘤由不同遗传特征和表型的癌细胞亚群组成,重建肿瘤进化过程可以了解驱动肿瘤进展的特性获取。PhylinSic是一种从单细胞RNA测序数据中重建细胞基因表达谱与进化关系的方法。该方法能够识别与药物选择和转移相关的进化关系,并且足够敏感以识别基因漂移的亚克隆。对化疗耐药的乳腺癌肿瘤中存在多个独立获得高K-Ras和β-catenin的遗传谱系。PhylinSic可以使用单细胞RNA测序重建肿瘤的进化并将细胞的基因型和表型联系起来。
本文介绍了发展心理学中的核心知识,包括四个系统和第五个系统,这些系统深深扎根于人类的系统发育和本体发育中,并指导和塑造着成年人的精神生活。建构主义认为知识是作为理论结构化的,并由概率学习/推理指导。因果模型、贝叶斯学习机制和理论理论提出了一种基于概率因果模型和贝叶斯学习的计算框架,适用于16个月至4岁的儿童。无论哪种理论,认知抽象的论证都必须遵循一定的规则。
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