麻省理工学院的Matthew G. Jones教授利用人工智能和计算方法研究肿瘤进化，特别关注外染色体DNA（ecDNA）的扩增。研究发现，ecDNA在约25%的癌症中普遍存在，能加速肿瘤侵袭性。通过单细胞谱系追踪技术，他希望改善患者治疗效果，预测药物抵抗，并识别新的治疗靶点。

肿瘤由不同遗传特征和表型的癌细胞亚群组成，重建肿瘤进化过程可以了解驱动肿瘤进展的特性获取。PhylinSic是一种从单细胞RNA测序数据中重建细胞基因表达谱与进化关系的方法。该方法能够识别与药物选择和转移相关的进化关系，并且足够敏感以识别基因漂移的亚克隆。对化疗耐药的乳腺癌肿瘤中存在多个独立获得高K-Ras和β-catenin的遗传谱系。PhylinSic可以使用单细胞RNA测序重建肿瘤的进化并将细胞的基因型和表型联系起来。