肿瘤由不同遗传特征和表型的癌细胞亚群组成，重建肿瘤进化过程可以了解驱动肿瘤进展的特性获取。PhylinSic是一种从单细胞RNA测序数据中重建细胞基因表达谱与进化关系的方法。该方法能够识别与药物选择和转移相关的进化关系，并且足够敏感以识别基因漂移的亚克隆。对化疗耐药的乳腺癌肿瘤中存在多个独立获得高K-Ras和β-catenin的遗传谱系。PhylinSic可以使用单细胞RNA测序重建肿瘤的进化并将细胞的基因型和表型联系起来。