开坑！从 AI Coding 到 AI4S：新开源项目 Pero 的一次探索
内容提要
作者离开Qoder后避开AI Coding方向，开源新项目Pero，探索AI Agent在科研工作流中的应用。Pero连接领域App、Agent与计算资源，从Virtual Cell入手，以Project组织研究问题、数据与实验，支持多Agent分工和分布式计算，并让各科研领域拥有专属App。项目尚处早期，已有macOS开发版、ACP会话、分布式任务基础和Virtual Cell初步实现，希望与科研人员、开发者共同验证。
延伸解读
从写代码到做科研：Agent 能力迁移的边界
作者把 AI Coding 中积累的任务规划、工具调用、长期记忆和多 Agent 协作能力迁移到科研工作流，但明确指出科研有不同要求：代码能运行不等于结论成立，还需追溯数据来源、方法环境、结果可复现性以及可信度判断。这意味着 Pero 不是简单把编程 Agent 套上科研外壳，而是要在项目上下文中记录输入、方法版本和执行环境，供后续复核。
Project 作为组织单元：从一次性问答到持续协作
Pero 希望围绕 Project 组织研究问题、文献、数据、任务、实验结果与知识，让 Agent 理解项目上下文并持续跟踪进展，在条件变化时提出可审阅的新任务。这区别于单次对话式助手，强调长期记忆和主动工作流。不过文章也承认，完整项目记录、长期记忆和主动工作流仍需逐步实现，目前只是方向性设计。
Virtual Cell 的定位：交互原型而非科学预测工具
Virtual Cell 是 Pero 的首个领域 App，包含参考细胞图谱浏览、扰动分析、一阶反应模拟和三维体数据可视化。作者明确说明自己不是该领域专家，反应模拟和体数据示例仅用于演示交互，不能代表经过科学验证的细胞预测模型；扰动分析也有数据与评估范围限制，不能直接推广到未知条件。读者应将其视为工作流与交互方式的原型，科学假设和方法选择仍需领域研究者审查。
早期项目的现实边界：已实现与未打通的部分
目前 Pero 已有 macOS 桌面开发版、ACP 会话、分布式任务基础以及 Virtual Cell 初步实现，Task、Run、Worker 基础实现和 GitHub 任务导入、认领与分发也开始支持。但领域 App、Agent 工具调用、Task/Run 执行和 Project 产物登记尚未与 Virtual Cell 连通，自动化贡献、研究产物登记与独立验收等环节仍需完善。项目整体处于早期，适合带着具体科研流程问题参与验证，而非期待开箱即用的完整平台。
Q&A
Pero 是什么项目？它主要想解决什么问题？
Pero 是一个面向科研工作流的开源工作区，尝试把领域 App、Agent 和计算资源连接起来，让 AI Agent 参与科研任务、组织研究过程、调用专业工具，甚至协调分布式计算环境，而不仅仅是帮助开发者写代码。
作者为什么从 AI Coding 转向 AI4S 方向做 Pero？
作者最近从 Qoder 离职，原本想继续做 AI Coding 和 Coding Agent 相关的开源项目，但考虑到过去的工作经历，希望换个应用方向，尽量避开与此前工作内容、产品方向的交集，做点不一样的东西。同时，过去积累的 Agent 任务规划、工具调用、长期记忆、多 Agent 协作、执行环境管理等能力并不只是为软件开发准备的，所以想把这些积累带到科研工作流中。
Pero 目前有哪些明确的切入点或功能方向？
目前有三个明确的切入点：一是围绕 Project 组织研究问题、文献、数据、任务、实验结果与知识，让 Agent 理解项目上下文并持续跟踪研究进展；二是支持不同 Agent 在同一个项目中分工，并把任务交给获准使用的本机、实验室服务器或云端计算资源；三是希望不同科研领域拥有自己的 App，把领域数据、专业工具、计算方法和 Agent 组合起来。
Pero 中的 Virtual Cell 是什么？它目前能做什么？
Virtual Cell（虚拟细胞）是 Pero 的第一个领域 App，用于验证可组合科研 App 模式。它包含参考细胞图谱浏览、扰动分析流程、一阶反应模拟，以及三维体数据可视化。使用者可以通过界面查看细胞数据、调整参数和观察输出，减少在不同脚本与工具之间切换的操作。其中反应模拟和体数据示例用于演示交互，不能代表经过科学验证的细胞预测模型；扰动分析也有其数据与评估范围，不能直接推广为对未知条件的可靠预测。
Pero 项目目前进展到什么程度？已经有哪些实现？
Pero 目前还处于早期阶段，已有 macOS 桌面开发版、ACP 会话、分布式任务基础以及 Virtual Cell 的初步实现。Task、Run、Worker 已有基础实现，并开始支持 GitHub 任务导入、认领与分发。但领域 App、Agent 和研究结果复核之间的完整流程仍需要逐步打通，Agent 工具调用、Task/Run 执行和 Project 产物登记还没有与 Virtual Cell 连通。
Pero 在技术实现上采用了哪些方案？参考了哪些项目？
Pero 围绕工作台、任务协调和领域计算采用了几种不同的技术。设计上参考了 Zed 与 GPUI 的工作台和界面实现、Kiro Crew 的持久工作区与 App 组合、Claude Science 的科研工作台，以及 DeepSeek Harness 的插件架构。
