基于 Uniprot 开放数据集使用 Cytoscape.js 和 Amazon Neptune 图形数据库快速搭建无服务化蛋白质数据分析平台
原文中文,约11700字,阅读约需28分钟。发表于: 。本文介绍了如何基于 Uniprot 开放数据集使用 Cytoscape.js 和 Amazon Neptune 图形数据库快速搭建无服务化蛋白质数据分析平台。
本文介绍了使用AWS CDK在亚马逊云科技上构建蛋白质相似度的方案平台,并介绍了如何使用Amazon Neptune作为图形数据库和Cytoscape.JS Web组件实现Web端的可视化OG网络。文章还介绍了如何使用CDK Synth初始化CloudFormation模版和使用cdk deploy命令部署整个方案,以及如何使用Jupyter Notebook进行数据初始化和如何访问网站。此外,文章还介绍了平台的功能,包括根据Protein ID检索网络信息、设置网络深度和查看选中Protein的Annotation信息。最后,文章提到该方案的代码已经以开源的形式发布在Github中。