scFusionTTT:利用测试时训练层的单细胞转录组学与蛋白质组学融合

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内容提要

研究使用对比自监督学习训练FT-Transformer模型,从miRNA、mRNA或RPPA数据预测癌症类型。相比XGBoost和CatBoost,该模型在标记样本稀缺时表现更好。提出的多模态模型通过后融合处理不同组学,实验显示多模态预训练提升了单一组学的预测效果,尤其在未标记多模态样本丰富时。适用于大量未标记数据但标记样本稀缺的情况。

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关键要点

  • 利用对比式自监督学习训练FT-Transformer模型,预测癌症类型。
  • 在标记样本稀缺时,该模型优于XGBoost和CatBoost。
  • 提出的多模态后融合模型处理不同组学数据。
  • 多模态预训练提升了单一组学的预测效果,尤其在未标记样本丰富时。
  • 该模型适用于大量未标记数据但标记样本稀缺的情况。
  • 展示了对每个组学特定模块进行预训练的高效性。
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