高效数据驱动的单细胞基因-基因交互发现的加权多样化采样

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内容提要

合成致死(SL)预测用于识别基因共突变导致的细胞死亡。传统图神经网络(GNNs)在信息传递上有局限性。为此,提出了基于多组学采样的SL预测图变换器(MSGT-SL),结合浅层多视图GNN和自注意力机制,捕获长程依赖,并通过并行随机游走采样整合组学数据。实验显示,MSGT-SL在SL任务中表现优异。

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关键要点

  • 合成致死(SL)预测用于识别基因共突变导致的细胞死亡。
  • 传统图神经网络(GNNs)在信息传递上存在局限性,如过度平滑和过度压缩问题。
  • 提出了一种新的基于多组学采样的SL预测图变换器(MSGT-SL)。
  • MSGT-SL结合了浅层多视图GNN和自注意力机制,能够捕获长程依赖关系。
  • 通过并行随机游走采样整合组学数据,以有效地促进SL预测。
  • 实验结果表明,MSGT-SL在SL任务中表现优异,展示了图变换器和多组学数据的优势。
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