Another Dayu
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单细胞分析 marker 基因数据库
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原文中文，约1000字，阅读约需3分钟。
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内容提要
本文介绍了几个主流的细胞marker数据库，包括CellMarker、PanglaoDB、BD Life Sciences CD Marker Chart、Mouse Cell Atlas、PlantCellMarker和CellKb。这些数据库收集了人类和小鼠各组织器官的经典标志物，并提供了自动注释、人工注释和验证等功能。其中，CellMarker的检索交互最舒服，PanglaoDB的UI与可信度相关，BD Life Sciences CD Marker Chart总结了人类和小鼠的经典Marker，Mouse Cell Atlas是小鼠数据库，PlantCellMarker收集了6种植物的数据，而CellKb是一个付费的单细胞注释辅助工具。
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关键要点
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细胞marker是指在一种细胞类型中高表达，而在其他类型中低表达或不表达的基因。
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寻找细胞Marker并注释是单细胞分析中的重要步骤，包括自动注释、人工注释和验证。
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CellMarker收集了人类和小鼠各组织器官的经典标志物，检索交互体验良好。
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PanglaoDB支持人类和小鼠的数据，其UI与marker的可信度相关。
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BD Life Sciences CD Marker Chart总结了人类和小鼠的经典Marker。
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Mouse Cell Atlas是专门针对小鼠的数据库，最新版本为3.0。
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PlantCellMarker收集了6种植物的数据，相关数据库较少。
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CellKb是一个付费的单细胞注释辅助工具，由团队长期维护，提供最新数据集。
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