CellChat v2 教程 1：使用 CellChat 推理和分析细胞间通信
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原文中文，约27000字，阅读约需65分钟。
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内容提要
介绍了CellChat软件，用于推断和分析细胞间通讯网络。使用基因表达数据和先验知识模拟通讯概率，并提供数据探索、分析和可视化功能。详细介绍了准备数据、创建对象、设置数据库、计算概率和可视化网络的步骤。还提到了使用CellChat Explorer探索通讯的方法。
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关键要点
- CellChat软件用于推断和分析细胞间通讯网络。
- CellChat需要细胞的基因表达数据和用户分配的细胞标签作为输入。
- 用户可以通过不同的选项准备CellChat分析所需的输入数据。
- CellChatDB是一个包含配体-受体相互作用的数据库，用户可以根据需要更新。
- CellChat通过计算通讯概率来推断细胞间通讯网络。
- 用户可以提取和可视化推断的细胞间通讯网络。
- CellChat提供多种可视化方法，包括层次图、圆图和弦图。
- CellChat能够分析细胞间通讯网络的系统特征，识别主要信号源和目标。
- 用户可以保存CellChat对象以便后续使用。
- CellChat Explorer提供交互式探索细胞间通讯的功能。
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延伸问答
CellChat软件的主要功能是什么？
CellChat软件用于推断和分析细胞间通讯网络，提供数据探索、分析和可视化功能。
使用CellChat进行分析需要哪些输入数据？
CellChat需要细胞的基因表达数据和用户分配的细胞标签作为输入。
CellChatDB数据库的作用是什么？
CellChatDB是一个包含配体-受体相互作用的数据库，用户可以根据需要更新以支持分析。
如何可视化CellChat分析的结果？
CellChat提供多种可视化方法，包括层次图、圆图和弦图，用户可以选择适合的方式展示结果。
CellChat如何计算细胞间通讯的概率？
CellChat通过结合基因表达与信号配体、受体及其辅助因子的先验知识，模仿细胞间通讯的概率。
CellChat Explorer的功能是什么？
CellChat Explorer提供交互式探索细胞间通讯的功能，帮助用户更深入地分析数据。
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