Jiayi Liu
·
在高性能计算（HPC）环境中运行Singularity容器
💡
原文英文，约1500词，阅读约需6分钟。
📝
内容提要
在HPC环境中，依赖问题是最麻烦的。作者介绍了使用Docker和Singularity等工具进行应用容器化的概念，并提供了如何在HPC环境中运行Singularity容器的逐步教程。容器可以解决依赖问题，并实现可重复性分析。
🎯
关键要点
- 在HPC环境中，依赖问题是最麻烦的，尤其是需要sudo权限时。
- 应用容器化可以解决依赖问题，实现可重复性分析。
- 容器可以让用户控制软件版本，避免自动更新。
- 用户可以从公共资源下载容器或从头构建自己的容器。
- 构建容器需要一个包含构建指令的配方文件。
- 在HPC上运行容器需要安装和加载Singularity。
- 用户需要从云端拉取容器并创建运行脚本。
- 提交作业后，用户可以通过SSH隧道访问RStudio服务器。
- 用户可以在浏览器中登录RStudio服务器，进行数据分析。
➡️
