原子的潜在道路:使用潜在扩散进行粗粒度蛋白质结构的反向映射
原文中文,约300字,阅读约需1分钟。发表于: 。本研究针对粗粒度分子动态模拟在处理原子级细节方面的不足,提出了一种新颖的方法——潜在扩散反向映射(LDB),利用潜在空间中的去噪扩散来重建全原子结构。研究表明,LDB在三个不同的蛋白质数据集上展现出卓越的结构准确性和化学有效性,展现了其在探索复杂构象空间方面的强大能力。
Ophiuchus模型通过SO(3)-等变粗粒化方法高效处理蛋白质残基的重原子,保持对称性。模型使用局部卷积模拟序列模体间的相互作用。通过训练重建PDB片段,研究不同压缩率下的重建能力,并在构象内插中快速应用。利用去噪扩散概率模型采样小型蛋白质的潜在嵌入,实验显示Ophiuchus在蛋白质建模和生成中具备扩展性和效率。