PANDORA:单链接聚类的并行树状图构建算法在 GPU 上的应用

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内容提要

本研究提出了一种高效构建树状图的新型并行算法pandora,通过递归树合并和GPU加速实现,使其在处理倾斜树时更快。pandora的多线程版本快2.2倍,GPU版本在amdgpu上快6-20倍,在nvidiagpu上快10-37倍,使hdbscan在GPU上速度提升6倍。

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关键要点

  • 本研究提出了一种新型并行算法pandora,用于高效构建树状图。
  • pandora通过递归树合并和GPU加速实现,处理倾斜树时更快。
  • pandora的多线程版本比目前最佳实现快2.2倍。
  • 在amdgpu上,GPU版本的pandora速度提升6-20倍。
  • 在nvidiagpu上,GPU版本的pandora速度提升10-37倍。
  • hdbscan在GPU上的速度提升达到6倍。
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